به طور کلی سربازان مشرق ایران و به طور خاص سکاها در عصر هخامشی در جنگ بر علیه دشمن حضور فعال داشتند از جمله در نبرد ماراتون و سالامیس دوشادوش سربازان نخبه ایران مرکزی شرکت کردند.

غلبه هخامنیشان بر ترکستان جنوبی صرفا مطیع ساختن یک قوم متمدن یا نیمه متمدن بود و به معنای استیلای یکی نژاد بر نژاد دیگر نبود. به مرور زمان اختلافات فرهنگی کاهش یافت و حتی دین زرتشت در مشرق زمین سریعتر رسمیت یافت.

کوروش برای تامین امنیت از سوی مشرق، تا سیحون می رود و در کنار آن شهر سیروپولیس را می سازد و سیستم آبیاری علمی پارسیان را به آنجا می برد. بعد از مرگ کورورش قسمت شرقی ایران در دست بردیا قرار می گیرد.

در زمان داریوش یازده ایالت، شرقی بود و یک ایالت هندی (گندازه) به علاوه ایالت هند (سند). در هفت تا از بیست ساتراپی زمان داریوش نام تمام ایالات شرقی وجود دارد.

در این زمان سرزمین باختر مهم ترین استان شرقی ایران بود و احتمالا به زبان سغدی سخن می گفتند. سطح زندگی مردم در باکتریانا بالا بود و این به دلیل سیستم آبیاری پیشرفته داریوش بود که آن سرزمین را به بهشت واقعی بدل می ساخت. صنعت گران چرخ را در کوزه گری به کار می بردند.

کشفیات باستان شناسی حاکی از آبادانی این سرزمین در دوران باستان است. سکونت در این منطقه از عصر آهن آغاز شده و بلخ در نهایت با هخامنشیان وارد تاریخ می شود. هخامنشیان کوچ روهای آسیاسی مرکزی را به صورت کلونی های نظامی درآوردند طوری که سکاها در نوع آرایش و سلاح ارتش فارسی باستان مؤثر واقع می شوند.

در این زمان با گسترش قلمرو هخامنشی مردم آسیای مرکزی برای نخستین بار با فرهنگ یونانی مدیترانه تماس می گیرند. در اواخر عهد هخامنشی، باختر پادشاهی نیمه مستقلی شد که کمتر دخالت حکومت مرکزی را می پذیرفت اما در هنگام حمله اسکندر سخت در مقابل وی ایستادگی کردند.

از نظر مسعودی در التنبیه الاشراف زبان تمام این سرزمین ها یکی بود اما لهجه ها متفاوت بود.

بارتولد اقوام آسیای مرکزی را آریایی و آیین مزدیسنا را زائیده آن می داند. دیاکونوف نیز زبان اوستایی را زاده آسیای مرکزی می داند.

اسکندر تا سیحون پیش رفته و اسکندریه یا خجند کنونی را بنا می نهد. اما ازدواج اسکندر با دختر اوکسوارتس، رهبر مقاومت محلی، دشمنی باکتریا با اسکندر را به سازش بدل می سازد. پس از مرگ اسکندر ساتراپ های شرقی بین فرماندهان او تقسیم می شود.